L’ensemble des salles du music-hall est détruit  en 1979.
Les projets pour occuper ce bel espace sont variés : un vaste ensemble commercial , un hôtel des ventes avec salle des ventes, réserve et salle d’exposition ,…

En mars 1997, la ville de Marseille retient le site de l’Alcazar, pour accueillir la BMVR. Le quartier de Belsunce est considéré comme un trait d’union entre la Canebière et le périmètre Euroméditerranée, entre le pôle Saint Charles et le quartier de la Bourse.
L’année suivante, certains immeubles insalubres de la rue du Baignoir et quelques uns du cours Belsunce sont démolis.
En 2000, destruction d’immeubles rue National, pour offrir une ouverture supplémentaire à la bibliothèque.
Une Zone de Protection du Patrimoine Architectural Urbain et Paysager (ZPPAUP) est décidée pour les quartiers de Belsunce, Canebière, Noailles, Chapitre et Panier.
L’emprise du projet de la nouvelle bibliothèque entraine tout d’abord des reconnaissances puis un chantier de  fouilles archéologiques de février 1999 à février 2000 . Il  met en valeur des éléments particulièrement importants parmi lesquels : la découverte d’un grand puits à proximité d’un atelier de tannage, ainsi qu’un bassin grec.
Les fouilles de l’Alcazar vont constituer une référence en matière d’archéologie sur la période de l’Antiquité tardive.
Le Maire de Marseille, Jean-Claude Gaudin pose la première pierre de l’édifice en mars 2000, et inaugure la nouvelle marquise le 20 février 2004.

La BMVR ouvre ses portes au public le 30 mars 2004, et elle est inaugurée par Mr Jacques Chirac le 14 novembre 2004.